「sRGB」「AdobeRGB」これはどちらも「プロファイル（カラープロファイル）」というものです。
プロファイルとは、作業した環境の色の規格（カラースペース）がわかるプロフィールのようなものです。
これがないとRGBの数値は同じでもどういった色で塗られたかが分かりません。

• 【sRGB】
  Windowsや一般的なモニタ、デジタルカメラの多くはsRGBです。
  一般的なモニタやプリンタで色を再現出来るように、色域が少し狭くなっています。
  色によっては印刷で出せる色域より狭い部分もあります。
• 【AdobeRGB】
  AdobeRGBは通常のオフセット印刷の色域よりかなり広く、印刷（CMYK）で再現出来る色をほぼ使うことが出来ます。
  ですが蛍光のグリーンやオレンジ、明るい水色などの印刷で再現出来ない色を使いますとCMYK変換後の色の落差に絶望することになります。
  AdobeRGBの色を再現出来るモニタもありますが、十万円以上するような高額なものに限られてしまいます。

RGBでご入稿いただいたデータは、印刷するためにCMYKへの変換が必要になります。
その時に元のプロファイル（イラストを描いている環境と同じプロファイル設定）が分からないと色が変わってしまう場合があります（例：sRGBで作業されていた場合にAdobeRGBとしてデータを開くと色が少し鮮やかになってしまう等）。

プロファイルが埋め込まれていることで、RGBからCMYKへ正確に変換する事が出来ます。

※ RGB → CMYK への変換は「Japan Color 2011 Coated」を使用しています。

ねこのしっぽではお客さまがご入稿されたRGBデータを以下のように取り扱っています。

どちらがいいというよりも、お客さまの制作段階からねこのしっぽで印刷するまでに、一貫して同じ設定を使う事が重要です。

Photoshopのカラー設定は同人誌作成目的ですとプリプレス用-日本2を推奨しています。
上部の設定からプリプレス用-日本2を選ぶことも出来ますし個別に設定も出来ます。

使用するアプリケーションによっては、プロファイルの設定が出来ない（対応していない）ものもあります。
その場合はだいたいsRGBの色だと思って下さい。

Photoshopでファイルを開く時にsRGBとして開いた方が色がおかしくならず、AdobeRGBとして開くと少し鮮やかになってしまうのではないでしょうか？
色が変わってしまったけど鮮やかな方が良いと思えばAdobeRGBでその後の作業を進めてしまうのもありですが…。

下の図は保存時のダイアログです。
RGBの場合は使用していたプロファイルが表示されていますので、必ずここにチェックを入れてプロファイルを埋め 込んでください。

• 【CMYKプロファイル】
  

  CMYKに関しては「Japan Color 2001 coated」「Japan Color 2011 coated」で印刷しています。このプロファイルは日本の枚葉機用のコート紙の設定です。Adobeのサイトからダウンロードも出来ます。

  ちなみになぜか「U.S. Web Coated」で変換されている方を多く見かけますが、これはアメリカの輪転機用プロファイルです。アメリカの輪転機で印刷するとだいたい近い色になるようなCMYKに変換されてしまいます。
  そのほかに「Japan Standard」も「Japan Color 2001 coated」とは別のものです。

  また、タント等の上質紙に印刷する場合は「JapanColor 2001 uncoated」で変換すると、よりイメージに近くなると思います。

AdobeRGBの「R255 G255 B0」で塗られた黄色は、CMYK変換しますとシアンが入り青っぽい黄色になってしまいます。
黄色い髪や服のキャラクターは、ハイライト部分など注意が必要です。

印刷目的で色を塗られる際は、Gの数値を230以下に抑えると濁りの少ない黄色になります。
グラデーションに関しても、同じようにGの数値を抑えめにする注意が必要です。

下の画像は、AdobeRGBで作成した黄色5種類の色を「知覚的」でJapan Color 2001 coatedに変換したものです。
（「相対的」で変換すると結果が異なります。sRGBからの変換では同じRGBの数値でもAdobeRGBからの変換以上にシアンが入ります。）

R255 G255 B0　　→　　C11% M 0% Y91% K0%
R255 G240 B0　　→　　C 5% M 4% Y93% K0%
R255 G230 B0　　→　　C 2% M11% Y93% K0%
R255 G220 B0　　→　　C 0% M18% Y93% K0%
R255 G210 B0　　→　　C 0% M24% Y92% K0%

カラーピッカーで色を選ぶ際に、シアンが入らないようなRGBの数値を使うと濁りの無い黄色で塗る事が出来ます。
同じように他の色でも二色（CM、MY、CY）になるような数値で色を塗ると、CMYK変換が鮮やかになります。

横に「！」マークが出る色はCMYKでは再現出来ない色ですので、CMYK変換するとRGBより暗い色になります。

下のサンプル画像は、二種類の髪の色をRGBからCMYKに変換したものです。

（添付画像はPhotoshop CS4　カラー設定はAdobeRGB、JapanColor2001coatedの場合の数値です。）